
PFRMAT AL
TARGET T0127
AUTHOR 3359-3308-3659
REMARK FUGUE AUTOMATIC ALIGNMENT
REMARK ZSCORE=4.25 
REMARK CONFIDENCE: GUESS     (50% confidence [ ZSCORE>=3.5 ])
REMARK DERIVED FROM HOMSTRAD PROFILE: DNA_topoisoIV
METHOD Environment-specific substitution tables were derived from the structure-based
METHOD alignments in the HOMSTRAD database. Each alignment in HOMSTRAD was converted
METHOD into a scoring template (profile) using the environment-specific substitution 
METHOD tables and structure-dependent gap penalties. The program FUGUE searches
METHOD a sequence or sequence alignment against the library of profiles.
MODEL  4
PARENT 1ab4
M   1     V    48
T   2     L    49
T   3     Y    50
A   4     A    51
V   5     M    52
A   6     N    53
R   7     V    54
L   8     L    55
Q   9     G    56
P  10     N    57
S  11     D    58
A  12     W    59
S  13     N    60
G  14     K    61
A  15     A    62
K  16     Y    63
T  17     K    64
R  18     K    65
P  19     S    66
V  20     A    67
F  21     R    68
P  22     V    69
F  23     V    70
S  24     G    71
A  25     D    72
I  26     V    73
V  27     I    74
G  28     G    75
Q  29     K    76
E  30     D    82
D  31     S    83
M  32     A    84
K  33     V    85
L  34     Y    86
A  35     D    87
L  36     T    88
L  37     I    89
L  38     V    90
T  39     R    91
A  40     M    92
V  41     A    93
D  42     Q    94
P  43     P    95
G  46     F    96
G  47     S    97
V  48     V   103
L  49     D   104
V  50     G   105
F  51     Q   106
G  52     G   107
D  53     N   108
R  54     F   109
G  55     G   110
T  56     S   111
G  57     A   131
K  58     H   132
S  59     E   133
T  60     L   134
A  61     M   135
V  62     A   136
R  63     D   137
A  64     L   138
L  65     E   139
A  66     K   140
A  67     E   141
L  68     T   142
L  69     V   143
P  70     D   144
E  71     F   145
I  72     V   146
E  73     D   147
A  74     N   148
V  75     Y   149
E  76     D   150
G  77     G   151
C  78     T   152
P  79     E   153
V  80     K   154
S  81     I   155
S  82     P   156
P  83     D   157
N  84     S   171
V  85     S   172
E  86     G   173
M  87     I   174
I  88     A   175
P  89     V   176
D  90     G   177
W  91     M   178
A  92     A   179
T  93     T   180
V  94     N   181
L  95     I   182
S  96     P   183
T  97     P   184
N  98     H   185
V  99     N   186
I 100     L   187
R 101     T   188
K 102     E   189
P 103     V   190
T 104     I   191
P 105     N   192
V 106     G   193
V 107     C   194
D 108     L   195
L 109     A   196
P 110     Y   197
L 111     I   198
G 112     D   199
V 113     D   200
S 114     E   201
E 115     D   202
D 116     I   203
R 117     S   204
V 118     I   205
V 119     E   206
G 120     G   207
L 122     R   227
D 123     G   228
I 124     I   229
E 125     E   230
R 126     E   231
A 127     A   232
I 128     Y   233
S 129     R   234
K 130     T   235
G 131     G   236
E 132     R   237
K 133     G   238
A 134     K   239
F 135     V   240
E 136     Y   241
P 137     I   242
G 138     A   244
L 139     R   245
L 140     A   246
A 141     E   247
R 142     V   248
A 143     E   249
N 144     V   250
G 146     E   257
Y 147     T   258
L 148     I   259
Y 149     I   260
I 150     V   261
D 151     H   262
E 152     E   263
C 153     I   264
N 154     Q   267
L 155     V   268
L 156     N   269
E 157     K   270
D 158     A   271
H 159     R   272
I 160     L   273
V 161     I   274
D 162     E   275
L 163     K   276
L 164     I   277
L 165     A   278
D 166     E   279
V 167     L   280
A 168     V   281
Q 169     K   282
S 170     E   283
N 173     K   284
V 174     R   285
V 175     V   286
E 176     E   287
R 177     G   288
D 178     I   289
G 179     S   290
L 180     A   291
S 181     L   292
I 182     R   293
R 183     D   294
H 184     E   295
P 185     G   300
A 186     M   301
R 187     R   302
F 188     I   303
V 189     V   304
L 190     I   305
V 191     E   306
G 192     G   313
E 197     E   314
E 198     V   315
G 199     V   316
D 200     L   317
L 201     N   318
Q 204     N   319
L 205     L   320
L 206     Y   321
D 207     S   322
R 208     Q   323
F 209     T   324
G 210     Q   325
L 211     L   326
S 212     Q   327
V 213     V   328
E 214     S   329
V 215     F   330
L 216     G   331
S 217     I   351
P 218     A   352
R 219     A   353
D 220     F   354
V 221     V   355
E 222     R   356
T 223     H   357
R 224     R   358
V 225     R   359
E 226     E   360
V 227     V   361
I 228     V   362
R 229     T   363
R 230     R   364
R 231     R   365
D 232     T   366
T 233     I   367
Y 234     F   368
D 235     E   369
A 236     L   370
D 237     R   371
P 238     K   372
K 239     A   373
A 240     R   374
F 241     D   375
L 242     R   376
E 243     A   377
E 244     H   378
W 245     I   379
R 246     L   380
P 247     E   381
K 248     A   382
D 249     L   383
M 250     A   384
D 251     V   385
I 252     A   386
R 253     L   387
N 254     A   388
Q 255     N   389
I 256     I   390
L 257     D   391
E 258     P   392
A 259     I   393
R 260     I   394
E 261     E   395
R 262     L   396
L 263     I   397
P 264     R   398
K 265     H   399
V 266     A   400
E 267     P   401
A 268     T   402
P 269     P   403
N 270     A   404
T 271     E   405
A 272     A   406
L 273     K   407
Y 274     T   408
D 275     A   409
C 276     L   410
A 277     V   411
A 278     A   412
C 280     N   413
I 281     P   414
A 282     W   415
L 283     Q   416
G 284     V   443
S 285     R   444
D 286     D   445
G 287     G   446
L 288     L   447
R 289     Y   448
G 290     Y   449
E 291     L   450
L 292     T   451
T 293     E   452
L 294     Q   453
S 297     Q   454
A 298     A   455
R 299     Q   456
A 300     A   457
L 301     I   458
A 302     L   459
A 303     D   460
L 304     L   463
E 305     Q   464
G 306     K   465
A 307     L   466
T 308     T   467
A 309     G   468
V 310     L   469
G 311     E   470
R 312     H   471
D 313     E   472
H 314     K   473
L 315     L   474
K 316     L   475
R 317     D   476
V 318     E   477
A 319     Y   478
T 320     K   479
M 321     E   480
A 322     L   481
L 323     L   482
S 324     D   483
H 325     Q   484
R 326     I   485
L 327     A   486
R 328     E   487
R 329     L   488
D 330     L   489
P 331     R   490
E 334     I   491
A 335     L   492
G 336     G   493
S 337     S   494
T 338     A   495
A 339     D   496
R 340     R   497
V 341     L   498
A 342     M   499
R 343     E   500
T 344     V   501
V 345     I   502
E 346     R   503
E 347     E   504
T 348     E   505
L 349     L   506
P 350     E   507
TER
END

