
PFRMAT AL
TARGET T0117
AUTHOR 3092-8926-3558
METHOD PDB BLAST http://bioinformatics.ljcrf.edu/pdb_blast/
METHOD 1) Use PSI-Blast to collect homologs and create a sequence profile
METHOD    for the family.
METHOD 2) Use created profile to search for related proteins in PDB
MODEL  5
PARENT 5TMP_A
REMARK DATE	1999-12-21
REMARK SCORE	 1e-29	123	36/227 (15%)
Q 19 R 2
P 20 S 3
F 21 K 4
T 22 Y 5
V 23 I 6
L 24 V 7
I 25 I 8
E 26 E 9
G 27 G 10
N 28 L 11
I 29 E 12
G 30 G 13
S 31 A 14
G 32 G 15
K 33 K 16
T 34 T 17
T 35 T 18
Y 36 A 19
L 37 R 20
N 38 N 21
H 39 V 22
F 40 V 23
E 41 V 24
K 42 E 25
Y 43 T 26
K 44 L 27
N 45 R 33
D 46 D 34
I 47 M 35
C 48 V 36
L 49 F 37
L 50 T 38
T 51 R 39
E 52 E 40
P 53 P 41
V 54 G 42
E 55 G 43
K 56 T 44
W 57 Q 45
R 58 L 46
N 59 A 47
V 60 E 48
N 61 K 49
G 62 L 50
V 63 R 51
N 64 S 52
L 65 L 53
L 66 L 54
E 67 I 57
L 68 K 58
M 69 S 59
Y 70 V 60
K 71 G 61
D 72 D 62
P 73 E 63
K 74 V 64
K 75 I 65
W 76 T 66
A 77 D 67
M 78 K 68
P 79 A 69
F 80 E 70
Q 81 V 71
S 82 L 72
Y 83 M 73
V 84 F 74
T 85 Y 75
L 86 A 76
T 87 A 77
M 88 R 78
L 89 V 79
Q 90 Q 80
S 91 L 81
H 92 V 82
T 93 E 83
A 94 T 84
P 95 V 85
T 96 I 86
N 97 N 92
K 98 G 93
K 99 T 94
L 100 W 95
K 101 V 96
I 102 I 97
M 103 G 98
E 104 D 99
R 105 R 100
S 106 H 101
I 107 D 102
F 108 L 103
S 109 S 104
A 110 T 105
R 111 Q 106
Y 112 A 107
C 113 Y 108
N 121 Q 109
G 122 G 110
S 123 G 111
L 124 G 112
E 125 R 113
Q 126 G 114
G 127 I 115
M 128 D 116
Y 129 Q 117
N 130 H 118
T 131 M 119
L 132 L 120
E 133 A 121
E 134 T 122
W 135 L 123
Y 136 R 124
K 137 D 125
F 138 A 126
I 139 V 127
E 140 L 128
E 141 G 129
H 144 D 130
V 145 F 131
Q 146 R 132
A 147 P 133
D 148 D 134
L 149 L 135
I 150 T 136
I 151 L 137
Y 152 Y 138
L 153 L 139
R 154 D 140
T 155 V 141
S 156 T 142
P 157 P 143
E 158 E 144
V 159 V 145
A 160 G 146
Y 161 L 147
E 162 K 148
R 163 R 149
I 164 A 150
R 165 R 151
Q 166 A 152
R 167 R 153
A 168 G 154
R 169 E 155
S 170 L 156
E 171 D 157
E 172 R 158
S 173 E 160
C 174 Q 161
V 175 E 162
P 176 S 163
L 177 F 164
K 178 D 165
Y 179 F 166
L 180 F 167
Q 181 N 168
E 182 R 169
L 183 T 170
H 184 R 171
E 185 A 172
L 186 R 173
H 187 Y 174
E 188 L 175
D 189 E 176
W 190 L 177
L 191 A 178
I 192 A 179
H 193 Q 180
Q 194 D 181
R 195 K 182
R 196 S 183
V 202 I 184
L 203 H 185
V 204 T 186
L 205 I 187
D 206 D 188
A 207 A 189
D 208 T 190
L 209 Q 191
N 210 P 192
L 211 L 193
E 212 E 194
N 213 A 195
I 214 V 196
G 215 M 197
T 216 D 198
E 217 A 199
Y 218 I 200
Q 219 R 201
R 220 T 202
S 221 T 203
E 222 V 204
S 223 T 205
S 224 H 206
I 225 W 207
F 226 V 208
D 227 K 209
A 228 E 210
I 229 L 211
TER
END

