
PFRMAT AL
TARGET T0089
AUTHOR 3995-5176-6362
METHOD Chandonia & Cohen, mostly unpublished.
METHOD Uses a combination of PSI-BLAST scoring matrix
METHOD and Pred2ary secondary structure prediction.
METHOD Pred2ary page is http://www.cmpharm.ucsf.edu/~jmc/pred2ary/
METHOD The potential is documented in the paper by
METHOD Schwartz et al which is referenced on
METHOD my research page: http://www.cmpharm.ucsf.edu/~jmc/research.html
MODEL 1
PARENT 1bup_A
M 1 V 189
G 16 G 190
K 204 A 191
D 205 E 192
R 206 R 193
G 207 N 194
V 208 V 195
V 209 L 196
V 210 I 197
V 211 F 198
N 212 D 199
L 213 L 200
G 214 G 201
Y 215 G 202
N 216 G 203
F 217 T 204
T 218 F 205
G 219 D 206
L 220 V 207
I 221 S 208
A 222 I 209
Y 223 L 210
K 224 T 211
N 225 I 212
G 226 E 213
V 227 D 214
P 228 G 215
I 229 I 216
K 230 F 217
I 231 A 223
S 232 G 224
Y 233 D 225
V 234 T 226
P 235 H 227
V 236 L 228
G 237 G 229
M 238 G 230
K 239 E 231
H 240 D 232
V 241 F 233
I 242 D 234
K 243 N 235
D 244 R 236
V 245 M 237
S 246 V 238
A 247 N 239
V 248 H 240
L 249 F 241
D 250 I 242
T 251 A 243
S 252 E 244
F 253 F 245
E 254 K 246
E 255 A 266
S 256 C 267
E 257 E 268
R 258 R 269
L 259 A 270
I 260 K 271
I 261 R 272
T 262 T 273
H 263 L 274
G 264 S 275
N 265 S 276
A 266 S 277
V 267 T 278
Y 268 Q 279
N 269 A 280
D 270 S 281
L 271 I 282
E 275 E 283
I 276 I 284
Q 277 D 285
Y 278 S 286
R 279 L 287
G 280 Y 288
L 281 E 289
D 282 G 290
G 283 I 291
N 284 D 292
T 285 F 293
I 286 Y 294
K 287 T 295
T 288 S 296
T 289 I 297
T 290 T 298
A 291 R 299
K 292 A 300
K 293 R 301
L 294 F 302
S 295 E 303
V 296 E 304
I 297 L 305
I 298 N 306
H 299 A 307
A 300 D 308
R 301 L 309
L 302 F 310
R 303 R 311
E 304 G 312
I 305 T 313
M 306 L 314
S 307 D 315
K 308 P 316
S 309 V 317
K 310 E 318
K 311 K 319
F 312 A 320
F 313 L 321
R 314 R 322
E 315 D 323
V 316 A 324
E 317 K 325
A 318 L 326
K 319 D 327
I 320 K 328
V 321 S 329
E 322 Q 330
E 323 I 331
G 324 H 332
E 325 D 333
I 326 I 334
V 333 V 335
L 334 L 336
T 335 V 337
G 336 G 338
G 337 G 339
G 338 S 340
A 339 T 341
K 340 R 342
I 341 I 343
P 342 P 344
R 343 K 345
I 344 I 346
N 345 Q 347
E 346 K 348
L 347 L 349
A 348 L 350
T 349 Q 351
E 350 D 352
V 351 F 353
F 352 F 354
K 353 N 355
S 354 G 356
P 355 K 357
V 356 N 360
R 357 K 361
T 358 S 362
G 359 I 363
C 360 N 364
Y 361 P 365
A 362 D 366
N 363 E 367
S 364 A 368
D 365 V 369
R 366 A 370
P 367 Y 371
S 368 G 372
I 369 A 373
I 370 A 374
N 371 V 375
A 372 Q 376
D 373 A 377
E 374 A 378
V 375 I 379
A 376 L 380
N 377 S 381
TER
END

